Page 47

MOODI | 2017 / No2

2/2017 Moodi 47 dardoinnin puutteiden vuoksi. Monet tutkijat ovat epäilleet eri tutkimusten tulosten erojen johtuvan näytteenottomenetelmien ja näytteiden käsittelyiden eroista. Jotta tutkimuksissa päästäisiin luotettaviin ja vertailukelpoisiin tuloksiin, tulisi preanalyyttisten tekijöiden vaikutuksia tutkia systemaattisesti. ESCMID on listannut julkaisussaan tutkimuskohteita, joihin tulisi paneutua lähitulevaisuudessa biofilmien diagnostiikan kehittämiseksi. Niistä suuri osa koskee preanalyyttisiä tekijöitä ja menetelmien validointia (1).  LÄHDELUETTELO: 1. Høiby N, Bjarnsholt T, Moser C, Bassi GL, Coenye T, Donelli G, Hall-Stoodley L, Holá V, Imbert C, Kirketerp-Møller K, Lebeaux D, Oliver A, Ullmann AJ, Williams C, for the ESCMID Study Group for Biofilms (ESGB) and Consulting External Expert Werner Zimmerli. ESCMID guideline for the diagnosis and treatment of biofilm infections 2014. Clin. Microbiol. Infect. 21: S1–S25, 2015. 2. Gbejuade HO, Lovering AM, Webb JC. The role of microbial biofilms in prosthetic joint infections, Acta Orthopaedica 86(2): 147–158, 2015. 3. Percival SL, Suleman L, Vuotto C, Donelli G. Healthcare associated infections, medical devices and biofilms: risk, tolerance and control. Journal of Medical Microbiology 64: 323–334, 2015. 4. Satpathy S, Sen SK, Pattanaik S, Raut S. Review on bacterial biofilm: A universal cause of contamination. Biocatalysis and Agricultural Biotechnology 7: 56–66, 2016. 5. Smith G, Chetter I. Infection in prosthetic material. Surgery (Oxford) 33(11): 559–564, 2015. 6. Tzeng A, Tzeng TH, Vasdev S, Korth K, Healey T, Parvizi J, Saleh KJ. Treating periprosthetic joint infections as biofilms: key diagnosis and management strategies. Diagnostic Microbiology and Infectious Disease 81: 192–200, 2015. 7. Wu H, Moser C, Wang H-Z, Høiby N, Song Z-J. Strategies for combating bacterial biofilm infections. International Journal of Oral Science 7: 1–7, 2014. 8. Tafer N, Belaieff W, Cuérel C, Zingg M, Hoffmeyer P, Uçkay I. Optimal diagnosis, prevention, and management of periprosthetic joint infection. Orthopedic Research and Reviews 7: 11–19, 2015. 9. Bose S, Ghosh AK, Deorukhkar S. Fungal Bioflm & Medical Device Associated Infection: It’s Formation, Diagnosis & Future Trends: A Review. Annals of Pathology and Laboratory Medicine 3(1), 2016. 10. Inacio RI, Klautau GB, Murça MA, da Silva CB, Nigro S, Rivetti LA, Pereira WL, Salles MJC. Microbial diagnosis of infection and colonization of cardiac implantable electronic devices by use of sonication. International Journal of Infectious Diseases 38: 54–59, 2015. 11. Calori GM, Colombo M, Navone P, Nobile M, Auxilia F, Toscano M, Drago L. Comparative evaluation of MicroDTTect device and flocked swabs in the diagnosis of prosthetic and orthopaedic infections. Injury. 2016 Oct;47 Suppl 4:S17-S21. 12. Rak M, Kavčič M, Trebše R, Cőr A. Detection of bacteria with molecular methods in prosthetic joint infection: sonication fluid better than periprosthetic tissue. Acta Orthopaedica 87(4): 339–345, 2016. 13. Omar M, Suero EM, Liodakis E, Reichling M, Guenther D, Decker S, Stiesch M, Krettek C, Eberhard J. Diagnostic performance of swab PCR as an alternative to tissue culture methods for diagnosing infections associated with fracture fixation devices. Int. J. Care Injured 47: 1421–1426, 2016. 14. Zegaer BH, Ioannidis A, Babis GC, Ioannidou V, Kossyvakis A, Bersimis S, Papaparaskevas J, Petinaki E, Pliatsika P, Chatzipanagiotou S. Detection of bacteria bearing resistant biofilm forms, by using the universal and specific PCR is still unhelpful in the diagnosis of periprosthetic joint infections. Frontiers in Medicine 1:30, 2014. Näyttenottotapa ja -paikka Esikäsittely Edut ja haitat Pyyhkäisynäyte haavasta tai proteesin tai implantin pinnalta + Nopea + Helppo - Näytteen riittämättömyys - Biofilmi ehjä - Sensitiivisyys pienenee Kudospala haavasta tai tulehtuneen proteesin läheltä - Oikean näytteenottokohdan valinta vaikeaa - Tarvitaan useita näytteitä - DNA-kontaminaatio kudoksesta Implantin, proteesin, kanyylin tai katetrin osa Sonikaatio, vorteksointi + Sonikaatio hajottaa biofilmiä + Sensitiivisyys kasvaa + Suositeltu menetelmä + Edullinen - Spesifisyys pienenee - Ei voi käyttää, jos kohdetta ei voi poistaa MicroDTTect (Dithiothreitol, DTT) + Kemiallinen käsittely hajottaa biofilmiä + Eristetty systeemi vähentää kontaminaatioriskiä + Edullinen + Helppo - Ei voi käyttää, jos kohdetta ei voi poistaa Nivelneste nivelproteesin yhteydessä + Mahdollista tarkastella heti mikroskoopissa infektion toteamiseksi Virtsanäyte katetrista - Väärän negatiivisen riski yli 50 % Veriviljely kanyylista + Herkkä bakteeri-infektioille - Ei kovin herkkä Candida-infektioille Eritteet alahengitysteistä + Luotettava näytemuoto - Näytteenotto voi olla vaikeaa Taulukko 1: Eri näytteenottotapojen ja esikäsittelyjen etuja ja haittoja. Menetelmä Edut ja haitat PCR (DNA) + Nopea - Ei erota eläviä ja kuolleita soluja - DNA-kontaminaation riski - Väärän positiivisen riski PCR (RNA) + Tunnistaa vain elävät solut - RNA hajoaa herkästi RT-PCR + Kvantitatiiviset tulokset - Väärän positiivisen riski Sekvensointi +Tarkka lajin tunnistus + Genomitietokannat + Alukkeiden suunnittelu - Näytteen oltava puhdas Mikrosirut + Nopea + Hyvä spesifisyys ja sensitiivisyys FISH + Tunnistaa elävät solut MALDI-TOF + Luotettava + Nopea - Kallis Taulukko 2: Molekyyligeneettisten menetelmien etuja ja haittoja.


MOODI | 2017 / No2
To see the actual publication please follow the link above