Esimerkki KRAS-geenin tuloksesta uuden sukupolven sekvensoinnilla (NGS). Oranssilla ja sinisellä merkityt sekvenssit edustavat potilaan näytettä, ja niiden alapuolella on referenssisekvenssi, johon potilaan sekvenssejä verrataan. Referenssisekvenssin alapuolella on esitetty aminohappojärjestys. Nuolen kohdalla on mutaatio (c. 35G>T, kuvassa vastinsekvenssi), joka muuttaa aminohapon glysiinistä 1/2017 Moodi 33 sä muodossa ja missä paikassa tieto on parasta säilyttää? Pilvipalveluiden luotettavuus ja toimivuus sekä tietojen varmuuskopioinnit on varmistettava. Tiedon säilöminen etenkin syöpänäytteissä on tärkeää, koska tehokkaiden lääkkeiden ja muiden hoitokeinojen avulla, myöhemmin ehkä geeniterapiankin kautta, syöpäpotilaat elävät yhä pitempään. Syöpäsoluja ei toistaiseksi täysin saada vielä elimistöstä poistettua, joten on aina vaara, että syöpä palaa takaisin samana tai muuntuneena syöpänä (2). Laadunvarmistus tärkeää jokaisessa prosessin vaiheessa Laadun varmistaminen NGS:ssä on monivaiheista alkaen preanalyyttisistä tekijöistä aina lausunnon kirjoittamiseen. Syöpänäytteen tulee olla riittävän edustava, eli kasvainsoluja tulee olla riittävä määrä, jotta mutaatio voidaan luotettavasti todeta. Vähäisissä näytteissä positiivinen tulos on merkitsevä, jos se sopii kyseiseen tautiin. Ei-edustavassa näytteessä negatiivinen tulos ei kuitenkaan ole informatiivinen, koska ei voi olla varma, että kasvainsoluja osuus on ollut riittävä mutaation toteamiseksi - vai esiintyykö mutaatio niin pienellä frekvenssillä, että se hukkuu taustaan. NGS-prosessin edetessä useat laatuparametrit määräävät, miten edetään prosessin seuraavaan vaiheeseen. Sekvensointiajon päätyttyä tarkastetaan sekvensoinnin onnistuminen ensin kokonaisuutena kaikille sarjan näytteille (mm. sirun lataus, testifragmenttien onnistuminen, juosteiden lukupituus, polyklonaalisuus) ja erikseen kullekin näytteelle (mm. lukupeitto, valiiniksi (p.Gly12Val). NGS:llä saadaan geenitietoa kattavasti, peiton tasaisuus). Jokaisessa sekvensointiajossa on mukana tunnettu kontrollinäyte, jossa tietyt variantit esiintyvät aina tietyllä frekvenssillä. Ulkoisille laaduntarkkailukierroksille on järkevää osallistua heti alusta alkaen. Yhtä tärkeää kuin saada oikeita tuloksia on seurata, mitä tapahtuu kierroksille osallistuvissa laboratorioissa. Kierrosten raportit ovat osoittaneet sen, että se, missä meillä oltiin vielä muutama vuosi taaksepäin, on kovien ponnisteluiden jälkeen vasta saatu toimimaan monissa ns. uusissa Euroopan maissa. Menee vielä vuosia siihen, ennen kuin NGS otetaan käyttöön näissä maissa. Sairaalageneetikon kokemuksia NGS:stä Sairaalageneetikolle uuden menetelmän opetteleminen ja käyttöönotto on ollut mielenkiintoista ja haastavaa. Ensimmäisten näytteiden analysoinnit ovat kestäneet kauan. Analysointi on opittu kantapään kautta yhteistyössä muiden kollegoiden kanssa. Jokainen geneetikko on löytänyt oman tyylinsä, missä järjestyksessä analysoinnin suorittaa, ja miten varmistaa, että lähetetiedot on luettu ja tulkittu oikein, ajoparametrien laatu ja luotettavuus tarkastettu, jokaisen geenialueen peitto tarkistettu, mutaatio oikein tulkittu ja lausunto oikein laadittu. Esimerkiksi kymmenen näytteen kvantitatiivisen PCR-sarjan näytteet sai aikai- semmin vastattua tunnissa, mutta tänä päivänä sama määrä näytteitä NGS-menetelmällä vie geneetikon aikaa useita tunteja. Laadultaan hyvän sarjan ja selvien potilastapausten vastaaminen voi onnistua kahdessa-kolmessa tunnissa, mutta hankalissa tapauksissa voi mennä kokonainen työpäivä. NGS vaatii moniammatillista henkilökuntaa, ja geneetikot ovat tärkeä osa tätä kokonaisuutta. VIITTEET 1. Goodwin S, McPherson JD, McCombie WR. Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet 17:333-54, 2016. 2. Myllykangas S, Koskenvuo JW, Alastalo T-P. Uuden polven sekvensointimenetelmät geenidiagnostiikassa. Duodecim 129:141-8, 2013. 3. Lappi-Blanco E, Salmenkivi K, Kytölä S, Kononen J. Keuhkosyövän molekyylipatologinen diagnostiikka edellyttää perustietoja myös kliinikolta. Duodecim 132:593-9, 2016. 4. Fontanges Q, De Mendonca R, Salmon I, Le Mercier M, D’Haene N. Clinical application of targeted next generation sequencing for colorectal cancers. Int J Mol Sci 17, 2117, 2016. 5. Liévre A, Bachet J-B, Boige V, Cayre A, Le Corre D, Bus E, Ychou M, Bouché O, Landi B, Louvet C, André T, Bibeau F, Diebold M-D, Rougier P, Ducreux M, Tomasic G, Emile J-F, Penault-Llorca F, Laurent-Puig P. KRAS mutations as an independent prognostic factor in patients with advanced colorectal cancer treated with cetuximab. J Clin Oncol 26: 374-9, 2008. http://huslab.fi/ohjekirja Potilaan yksilöity hoito tarvitsee luotettavaa geenitietoa. nopeasti ja edullisesti.
Moodi No 1 | 2017
To see the actual publication please follow the link above